W latach 1941-1943 żył w lwowskim getcie. Wieziony przez Niemców wraz z innymi Żydami do obozu zagłady w Bełżcu, zbiegł z transportu. Kilka dni później udało mu się przeżyć zbiorową egzekucję. Ukrywał się do końca wojny. 

Po  zakończeniu okupacji Stern powrócił do Krakowa i związał się z Grupą Młodych Plastyków, a następnie z tzw. Drugą Grupą Krakowską. Uprawiał malarstwo sztalugowe i grafikę. W powojennej twórczości początkowo zwrócił się ku abstrakcji, w której aluzyjnie nawiązywał do form świata rzeczywistego. Uważał, jak i inni twórcy wywodzący się z przedwojennej lewicy, że tylko awangarda „kontynuująca swój tradycyjny dialog z myślą postępową jest w stanie sprostać nowej, społecznej roli sztuki, a jedynym językiem wyrażającym przełomowy charakter nowej rzeczywistości, może być język form nowoczesnych” (K. Czerni). Nadto, sztuka abstrakcyjna, w krótkim czasie oficjalnie potępiona przez komunistyczne władze jako burżuazyjna, była dla Sterna i kręgu jego przyjaciół domeną artystycznej wolności.   

W latach pięćdziesiątych Stern zainteresował się „malarstwem materii”. Zaczął wzbogacać fakturę obrazów zagęszczoną farbą, a z czasem tworzyć obrazy-reliefy, łącząc klasyczne środki wyrazu ze szczątkami organicznymi zwierząt, naturalnymi tworzywami, drobnymi przedmiotami. Te ingredienty miały w jego dziełach nie tylko funkcję konstrukcyjną. Stawały się nośnikami znaczeń, symbolami PRZEMIJANIA I PAMIĘCI, w których tkwiło doświadczenie niemieckiego ludobójstwa z lat II wojny światowej. „Nikt przed Sternem – podkreślała Bożena Kowalska – nie próbował ze szczątków śmiertelnych uczynić artystycznego tworzywa”. Artysta nazywał tę szczególną metodę twórczą „abstrakcją biologiczną”. 

Te makabryczne dzieła Sterna charakteryzuje jednak swoiste piękno. Kości, ości, złotawe i srebrzyste rybie skóry tworzą wyszukane układy geometryczne i przestrzenne, a kolor, na ogół ciemny ale pulsujący odcieniami i światłem załamującym się na fakturalnej powierzchni, posiada nie tylko emocjonalną funkcję. Przywołana już Bożena Kowalska uważa, że Jonasz Stern stworzył nowy rodzaj estetyki – „funeralne piękno”.  

  Stern, podobnie jak inni artyści, którzy przeszli gehennę obozów zagłady, np. Józef Szajna czy Ksawery Dunikowski, nie traktował swych przeżyć jako psychicznego urazu, własnego problemu, który należy przezwyciężyć. Pojmował je jako zagadnienie ogólnoludzkie, jako doświadczenie milionów ofiar Holocaustu, które trzeba przekazać pokoleniom – jako znak pamięci i przestrogę. Czuł się powołanym do tej misji Świadkiem Historii i Narzędziem Losu, który podarował mu drugie życie.
   

Wacława Milewska