Muzeum Książąt Czartoryskich było pierwszym prywatnym muzeum otwartym dla publiczności na ziemiach polskich. Założyła je w 1801 roku w Puławach księżna Izabela z Flemingów Czartoryska (1746-1835), umieszczając nad wrotami budynku muzealnego, Świątyni Sybilli, hasło „Przeszłość przyszłości”, które określało misję i cel nowo założonej instytucji: ocalić i przekazać przyszłym pokoleniom wolnej Polski „zbiór narodowy”. Muzeum, mieszczące się w dwóch budynkach – wspomnianej Świątyni Sybilli (od 1801) i Domu Gotyckim (od 1809) – było skarbnicą pamiątek po władcach i bohaterach polskich, zbiorem dowodów wielkości państwa polskiego, a także kolekcją różnorodnych dzieł sztuki związanych z historią powszechną: obrazów, wyrobów rzemiosła artystycznego i militariów. Po 1831 roku dobra Czartoryskich, biorących czynny udział w powstaniu listopadowym, uległy konfiskacie, jednak ich cenne zbiory udało się uratować w części ukrywając w kraju, w części wywożąc do paryskiej rezydencji książąt Hôtel Lambert.
W 1876 roku książę Władysław Czartoryski (1828-1892) zgromadził zbiory w Krakowie, umieszczając je w trzech budynkach: dawnym Arsenale (podarowanym przez miasto) oraz w Klasztorku i trzech kamienicach przekształconych w pałac, zakupionych przez księcia. W 1897 roku utworzona została ordynacja sieniawska, z której dochody przeznaczano na utrzymanie tak muzeum, jak i biblioteki.
Fundacja Książąt Czartoryskich powstała w 1991 roku, kiedy to spadkobierca kolekcji dzieł sztuki, archiwaliów i zasobów bibliotecznych, Adam Karol Czartoryski, przekazał narodowi polskiemu zbiory w formie wieczystej Fundacji, a ze względów organizacyjnych i finansowych pozostawił je w strukturach Muzeum Narodowego w Krakowie, w których funkcjonowały od 1950 roku.
Galeria Sztuki Starożytnej mieści się w sali na pierwszym piętrze dawnego Arsenału Miejskiego. Wystawione tu dzieła sztuki i kultury materialnej starożytnego Egiptu, Mezopotamii, Grecji, Etrurii i Rzymu, pochodzące z czasów od III tysiąclecia p.n.e. do VII wieku n.e., należą w większości do kolekcji księcia Władysława Czartoryskiego. Dopełnia je zbiór Muzeum Narodowego w Krakowie będący depozytem Rodziny Potockich z Krzeszowic. Początek Galerii stanowią nowożytne i dziewiętnastowieczne dzieła antykizujące, bezpośrednio naśladujące lub inspirowane sztuką starożytną.